🌍 Microbiote : ce que la science découvre… grâce à nous

Et si chacun d’entre nous pouvait contribuer à la recherche scientifique depuis chez soi ? C’est le pari relevé par le projet American Gut, une initiative de science participative à grande échelle. Plus de 10 000 volontaires ont envoyé leurs échantillons (notamment de selles) par la poste, à température ambiante, pour aider les chercheurs à mieux comprendre notre microbiote intestinal.

📦 Des échantillons envoyés par la poste mais des résultats fiables

Malgré des conditions d’envoi simples, les analyses ont permis de retrouver de nombreux résultats déjà observés dans des études cliniques plus classiques. Mieux encore, cette approche a permis de découvrir de nouvelles informations sur la diversité et le fonctionnement du microbiote humain.

🔍 Des découvertes surprenantes

🔹 Changements post-chirurgicaux

En suivant une seule personne sur le long terme, les chercheurs ont constaté qu’une opération chirurgicale peut provoquer des modifications du microbiote plus importantes que les différences observées entre des personnes vivant dans des environnements très différents.

🔹 Diversité alimentaire

Les participants consommant une grande variété de plantes (fruits, légumes, céréales, herbes…) présentaient un microbiote plus diversifié et actif. Cette observation a été confirmée grâce à des analyses approfondies sur des centaines d’échantillons.

🦠 Des bactéries en majorité, partagées entre tous

Plus de 99 % des gènes identifiés sont bactériens. Chaque personne héberge au moins 160 espèces bactériennes, dont beaucoup sont communes entre individus.

On retrouve chez tout le monde un socle commun de fonctions microbiennes, appelé microbiome minimal. Comprendre ces fonctions de base, c’est une clé pour mieux exploiter notre microbiote au service de la santé.

🥦 Omnivore, végétarien, vegan : quel impact sur notre microbiote ?

Alors que les régimes à base de plantes gagnent en popularité, les scientifiques s’intéressent de plus en plus à leur effet sur notre microbiote intestinal, cet écosystème de bactéries qui joue un rôle clé dans notre santé.

Chaque régime alimentaire laisse une empreinte microbienne distincte dans notre intestin.

La viande rouge marque le microbiote… négativement 🍗

Chez les omnivores, certaines bactéries typiques (comme Ruminococcus torques, Bilophila wadsworthia ou Alistipes putredinis) sont associées à une moins bonne santé cardiovasculaire et métabolique. Ces bactéries sont en grande partie liées à la consommation de viande rouge.

Les microbes “vegan” sont bons pour nous 🥬

À l’inverse, les vegans hébergent davantage de bactéries associées à une meilleure santé.

Et bonne nouvelle : même les omnivores qui consomment plus de végétaux présentent une augmentation de ces “bonnes” bactéries.

🧪 Vers des probiotiques sur mesure pour notre microbiote

Les probiotiques actuels sont encore assez limités. Le projet européen MBSelect a développé des probiotiques de nouvelle génération, basés sur des bactéries isolées directement du microbiote humain.

👶👵 Une approche personnalisée

Des formulations spécifiques ont été développées pour les enfants, les adultes et les personnes âgées, ouvrant la voie à des traitements plus ciblés contre les troubles digestifs, le diabète ou l’obésité.

🔬 Conclusion : notre alimentation, un levier pour la santé

Notre alimentation façonne notre microbiote… et donc notre santé.

👉 Les études montrent que les personnes consommant plus de 30 végétaux différents par semaine — fruits, légumes, légumineuses, noix, graines, herbes, épices — présentent un microbiote plus diversifié, comparé à celles qui en consomment moins de 10.

🔑 Or, un microbiote diversifié est associé à une meilleure santé intestinale, métabolique et globale.

Bonne nouvelle : même sans devenir vegan, manger plus de végétaux peut déjà améliorer l’équilibre de notre flore intestinale… et celui de la planète. 🌍

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Sources :

• Fackelmann, G., Manghi, P., Carlino, N., Heidrich, V., Piccinno, G., Ricci, L., Piperni, E., Arrè, A., Bakker, E., Creedon, A. C., Francis, L., Pujol, J. C., Davies, R., Wolf, J., Bermingham, K. M., Berry, S. E., Spector, T. D., Asnicar, F., & Segata, N. (2025). Gut microbiome signatures of vegan, vegetarian and omnivore diets and associated health outcomes across 21,561 individuals. Nature Microbiology, 10(1), 41‑52. https://doi.org/10.1038/s41564-024-01870-z

• Cordis, C. (2022, 16 décembre). Tendre vers les probiotiques de nouvelle génération. CORDIS | European Commission. https://cordis.europa.eu/article/id/442688-approaching-next-generation-probiotics/fr

• Qin, J., Li, R., Raes, J., Arumugam, M., Burgdorf, K. S., Manichanh, C., Nielsen, T., Pons, N., Levenez, F., Yamada, T., Mende, D. R., Li, J., Xu, J., Li, S., Li, D., Cao, J., Wang, B., Liang, H., Zheng, H.,. . . Wang, J. (2010). A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing. Nature, 464(7285), 59‑65. https://doi.org/10.1038/nature08821